Metagenomics and Bioinformatics in Microbial Ecology

生物資訊學

• Single nucleotide polymorphism (SNPs)
• 全基因體關聯分析簡介（Genome-wide association studies）
• 為什麼 Illumina 平台的定序品質在序列前端和末端較差？

Rosalind 做題筆記

• Counting DNA Nucleotides (ID: DNA)
• Transcribing DNA into RNA (ID: RNA)
• Complementing a Strand of DNA (ID: REVC)
• Rabbits and Recurrence Relations (ID: FIB)

總基因體學

• 利用模擬 PCR 評估 16S rRNA 基因特定變異區的長度分布
• 怎麼處理 16S rRNA 標的基因分析中長度不一的序列？
• 分析到最後還是不能只靠 QIIME2
• DADA2 execution halted (Error in table: attempt to make a table with >= 2^31 elements)
• 總基因體學小辭典 (Glossary of Metagenomics)
• 序列品質篩選 (Read quality filtering)
• 16S rRNA 定序文庫製備
• OTU 及物種注釋
• DIABIMMUNE Microbiome Project 資料簡介

群落生態學

• UniFrac distance 的優缺點是什麼？
• 發展多樣性指標的用意
• α多樣性（alpha diversity）的含意與指標
• β 多樣性（beta diversity）的含意與指標

微生物生態學

• National Academies：戰場隱喻的終結——揭示宿主與微生物關係的轉變事項
• 可能反映與嬰兒飲食相關的腸道菌相演替機制的現象
• Nat Rev Microbiol.：生態學理論在微生物生態學扮演的角色

R 語言的資料視覺化

• 以梯度圖實踐三項連續變數的資料視覺化

Linux

• 安裝並設定 Linux 虛擬機
• SSH 原理以及遠端登入伺服器
• bad interpreter: No such file or directory
• Error in alpha(pseq, index = “all”) : unused argument (index = “all”)

文獻閱讀

• Nature Medicine: 嬰兒共生菌相的成熟過程及其與分娩方式的關聯
• Gastroenterology: 嬰兒排遺微生物相之發展及其與分娩方式、飲食及過敏疾病的關聯
• Microbiology: 人類嬰兒排遺樣本內的腸道微生相在首次引入副食後的決定因素
• Anaerobe: 利用 FISH 描繪餵食配方奶和母乳的嬰兒之排遺樣本微生物相
• FEMS Microbiol. Ecol.: 利用即時 PCR 和北方墨點法定量嬰兒排遺內的腸道細菌
• Pediatrics: 影響嬰兒早期腸道微生物組成的因素
• FEMS: 離乳期間嬰兒排遺微生物相的縱向研究
• J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr.: 健康且哺乳嬰兒的腸道微生物與免疫標記物在副食哺餵期間之轉變
• J. Microbiol. Methods: 結合主成分分析與 16S rRNA 基因定序的 T-RFLP：比較不同年齡之嬰兒排遺微生物相的有效策略
• Microb Ecol Health Dis.: 以 16S rDNA 序列差異評估哺乳與餵配方奶之嬰兒的雙歧桿菌及乳桿菌多樣性區別
• AEM: 以分子技術監測人類新生兒的細菌群集演替
• Cell：TCGA中的致癌訊息傳遞途徑
• Cell：細胞來源的模式主導三十三種癌症的分子分類