bad interpreter: No such file or directory

在 Linux 執行 Perl、R 或 Python 腳本時,有幾種情況可能會跳出 "bad interpreter: No such file or directory"。

1. 打錯字


檢查 #!/usr/bin/env 有沒有拼對,如果拼錯的話也會報錯。

2. 路徑不對


即「執行Python "/bin/usr/python: bad interpreter: No such file or directory" 錯誤」中提到的問題:當腳本開頭寫成 #!/usr/bin/python 時,如果沒有主動連結到安裝的 python 版本,有可能找不到。改寫成 #!/usr/bin/env python,就會自動尋找 python 的路徑了。

3. 腳本的編碼格式不相容


Windows 記事本的格式和 Linux 的腳本不同,所以會因為隱藏的字元而無法判讀,解決方法可參考「sh腳本異常:/bin/sh^M:bad interpreter: No such file or directory」,在 vi 或 vim 編輯器下,以 :set fileformat=unix 修改腳本編碼。

DADA2 execution halted (Error in table: attempt to make a table with >= 2^31 elements)

本文純粹是技術問題。我之前以 Qiime2 外掛的 DADA2 處理已切除轉接子的 16S rRNA 基因序列 (V4 region) 時,因為以下錯誤而中斷了執行四天的程式。
Plugin error from dada2: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more.

MiTalk 2020 工作坊的交流機會

這次的工作坊有好幾個交流的機會,像是邀請演講(發問)、海報(私下討論)、主題討論(討論)。如同主辦人楊姍樺老師所述,參加研討會或工作坊的目的是結善緣。

即使是學有所成的教授們也會利用這些機會和其他老師互通有無,所以學生更應該克服自己害羞的個性,盡可能參與每個討論環節,逐漸習慣科學交流的生態。

讀後感|少棒的基礎 — 高掛球鞋之後

相較於影片,要以圖文解釋複雜動作有許多限制,所以此書的重點不在於老生常談的技術內容,而是引進刻意練習的帶隊觀念。

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