2020年6月2日 星期二

J. Microbiol. Methods: 結合主成分分析與 16S rRNA 基因定序的 T-RFLP:比較不同年齡之嬰兒排遺微生物相的有效策略

Wang et al. (2004) T-RFLP combined with principal component analysis and 16S rRNA gene sequencing: an effective strategy for comparison of fecal microbiota in infants of different ages. Journal of Microbiological Methods.

1. 簡介


人體的腸道微生物可能參與宿主的營養代謝、病源入侵和免疫反應的過程,進而影響宿主的健康狀況。研究健康嬰兒腸道菌群的結構與動態或能幫助我們了解過敏性疾病的成因,奠立相關疾病之預防醫學的基礎。

目前嬰兒腸道微生物的生態學知識多得自於基於培養學的研究。然而,培養技術受限於難養菌的存在及定量菌群規模的困難。雖然可透過擴增和複製 16S rDNA 來補足培養學的限制,但這類技術勞力費時,不易應用於大規模樣本的對照研究。

Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 是環境微生物生態學常用的技術,雖然其具有高效和便捷等優點,但分析 T-RFLP 得出的大量數據相當困難。為克服詮釋數據的困難,Wang et al. 引進主成分分析來探索,腸道正處發育階段的嬰兒之排遺微生物群變化。

2. 解析


此文的主題、背景、問題、既有研究、難點和解決方案都交代了:以腸道微生物與疾病的關聯起頭,強調研究嬰兒腸道微生物發育的重要性。接著指出培養技術和其他替代方案之缺陷,最後提出結合 T-RFLP 和主成分分析或能克服難養菌與解釋數據的困境。

3. 句型


Current knowledge of gut microbial ecology and diversity in infants is largely based on the use of traditional culture techniques.

It is clear that culture techniques have handicaps since certain bacteria are uncultivable and most media used for quantification of bacterial groups are nonspecific (Tannock, 1999).

For comparing infant fecal microbiota over time, more rapid and convenient methods are needed. One of these methods is terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis. 

However, interpreting large sets of data generated by T-RFLP analysis is difficult, and a statistical evaluation is needed. 

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