利用模擬 PCR 評估 16S rRNA 基因特定變異區的長度分布

我在「怎麼處理 16S rRNA 標的基因分析中長度不一的序列？」提到可以利用模擬 PCR 來評估16S rRNA 基因特定變異區的長度分布。本文示範如何使用 SILVA 資料庫的 TestPrime 模擬 PCR 擴增 16S rRNA 基因，還有如何將 V4 區域用 Usearch 擷取出來以便統計長度分布。

DIABIMMUNE Microbiome Project 資料簡介

DIABIMMUNE Microbiome Project,  https://pubs.broadinstitute.org/diabimmune

儘管許多研究探討腸道微生物群落的建立過程，但這些研究的資料未必開放使用。為了研究飲食與腸道微生物發育的關係，我在 NCBI SRA database 還有 EMBL-EBI MGnify 以嬰兒(infant)、腸道 (gut)、微生物 (microbiome) 等關鍵字搜尋適合的數據。雖然 DIABIMMUNE Microbiome Project 提供的資料在數據類型、樣本規模和飲食記錄等條件上非最佳選擇，但它卻開放使用。本文簡介此計畫的研究目的還有資料特性，供往後欲使用此數據的研究者參考。