橋下俱樂部與都市不對稱性

 「你有去過橋下俱樂部嗎？」

橋下俱樂部，是我家鄉某個村民聯絡感情的地方。俱樂部的位置在中山高某段陸橋底下，旁邊則是一條長滿雜草的臭水溝。整個空間只有一個排球場大，高度也不高，稍微伸展就能摸到因車流而震動的橋底。

Translating RNA into Protein (ID: PROT)

Problem

轉譯RNA字串為蛋白質字串

Given: An RNA string s corresponding to a strand of mRNA (of length at most 10 kbp).

Return: The protein string encoded by s.

讀後感｜大數據

 巨量資料所指的，是資料量一定要達到相當規模才能做的事（例如得到新觀點、創造新價值），沒有一定規模就無法實現，而且這些事將會改變現有市場、組織、市民與政府間的關係。

巨量資料的核心重點在於「預測」。……能有大量資料作為預測的基礎，此外，這些系統也必須能夠隨著時間自動改進，從新增的資料中，判斷出最佳的信號和模式。

觀後感｜勇往直前（トップをねらえ!）

從這部《トップをねらえ!》到往後的《天元突破グレンラガン》，深深覺得熱血的科幻動畫裡頭重要的不是真實，而是無視自然定律，突破現實框架的暢快（例如引爆木星充作黑洞核心、推動地球當質量武器、低於絕對零度的冷凍射線……之類的作戰計畫）。

讀後感｜人類存在的意義

最早認識 E.O. Wilson 是讀 Stephen Gould 的書，Wilson 作為 Gould 反對的對象存在我的記憶中。隨後，我在小說《螞蟻》裡讀到致敬Wilson 所創造的角色—— 艾德蒙．威爾斯，才逐漸了解 Wilson 在螞蟻、演化和生物多樣性方面的成就。

而想讀這本書的動機，則是寫故事時對於意義的追求，想了解不同思想家怎麼回答人類從何而來，該往何處去等問題。不過讀完以後意識到，這本書試圖解釋的不是個人的存在焦慮，也沒有為人類這樣短暫存在的物種是否有意義給上結論。

這本書做到的，是解釋道德、愛、心等被視為人類存在重要價值怎麼演化出來。Wilson 推廣其多層次擇汰學說，主張那些人類之所以為人類的特質，是群體選擇與個體選擇的結果。（這讓我挺好奇的，就我理解 Wilson 的社會生物學應該也是基於親緣選擇學說，但在此書中，他的立場卻反駁親緣選擇學說。這也許要多讀一點演化學說的發展，以及 Wilson 近年的著作才會知道為什麼。）

「如果，你再重新回到高二那年，你還會衝一次生物嗎？」

「科學的……青春」的一則留言勾起我許多回憶，我想也許這些經驗也能供給有類似困擾的人參考。於是想了一陣子，決定寫篇文章用以下幾種狀況答覆：

Mendel's First Law (ID: IPRB)

Problem

給定同型顯性合子、異型合子、同型隱性合子的數量，求隨機配對後子代呈現顯性表徵的機率

Given: Three positive integers k, m, and n, representing a population containing k+m+n organisms: k individuals are homozygous dominant for a factor, m are heterozygous, and n are homozygous recessive.

Return: The probability that two randomly selected mating organisms will produce an individual possessing a dominant allele (and thus displaying the dominant phenotype). Assume that any two organisms can mate.

Counting Point Mutations (ID: HAMM)

Problem

給定兩等長字串 s 和 t，計算兩者的 Hamming distance dH(s,t)

Given: Two DNA strings s and t of equal length (not exceeding 1 kbp).

Return: The Hamming distance dH(s,t).

Computing GC Content (ID: GC)

Problem

給定至多含 10 條 DNA 序列之 fasta 檔，求 GC 比最高者及其 GC 比。

Given: At most 10 DNA strings in FASTA format (of length at most 1 kbp each).

Return: The ID of the string having the highest GC-content, followed by the GC-content of that string. Rosalind allows for a default error of 0.001 in all decimal answers unless otherwise stated; please see the note on absolute error below.

Rabbits and Recurrence Relations (ID: FIB)

Problem

假設兔子需一個月性成熟，，性成熟後每對兔子每個月必繁殖 k 對子代，且不因任何因素死亡，則求 n 月後的兔子對數。

Given: Positive integers n≤40 and k≤5.

Return: The total number of rabbit pairs that will be present after n months, if we begin with 1 pair and in each generation, every pair of reproduction-age rabbits produces a litter of k rabbit pairs (instead of only 1 pair).

Complementing a Strand of DNA (ID: REVC)

Problem

給定 DNA 序列，回傳其反向互補序列

Given: A DNA string s of length at most 1000 bp.

Return: The reverse complement sc of s.

Transcribing DNA into RNA (ID: RNA)

Problem

模擬 DNA 轉錄 RNA 的過程，將給定 DNA 字串中的 T 替換為 U。

Given: A DNA string t having length at most 1000 nt.

Return: The transcribed RNA string of t.

Counting DNA Nucleotides (ID: DNA)

Problem

給定 DNA 字串，回傳四鹼基符號於字串內的數量

Given: A DNA string s of length at most 1000 nt.

Return: Four integers (separated by spaces) counting the respective number of times that the symbols 'A', 'C', 'G', and 'T' occur in s.