部落格將搬家到 5uperb0y.com

大家好,我是超級boy,由於網站維護和文章管理的方便性,我決定改用 hexo + git page 來發布部落格,新部落格的網址為 5uperb0y.com,終於有了自己專屬的ID了。

本站將不再更新與維護,舊文章也會逐漸搬到新網站,順便更新內容。

感謝大家對盛夏不等式的支持😌


題外話:網域年費和水煎包價目表的陳列邏輯出奇地相似(水煎包價目表截自viviyu.com)


Trimmomatic 裁切功能簡介以及比對方式的疑問

裁切序列是 NGS 品質控管重要的一環,諸如建庫時添加的人工序列和序列末端品質低落的片段等都是要移除的目標。Trimmomatic 是專門用於 Illumina 定序資料的品管軟體,它可以發揮以下功能:

  • 從 3' 端切除建庫時添加的人工序列

  • 依照四種不同的模式裁切品質不佳的序列

  • 依照平均定序品質分數篩選序列


本文著重 Trimmomatic 裁切功能的簡介與疑問。

R 讀取 FASTQ 檔

R 的 ShortRead 套件用於處理高通量定序產出的 FASTQ 檔,其功能包含讀寫 FASTQ 檔、計算序列統計量、裁切與篩選低品質序列等。目前,ShortRead 被保留在 Bioconductor ,並由開發團隊持續更新與維護。

排遺與腸道樣本的細菌群落差異

哺乳動物的排遺樣本代表游離於腸道腔室的細菌(luminal microbes),黏膜樣本則反映棲居於腸道黏膜細菌(mucosal microbes)。許多研究指出,排遺樣本與黏膜樣本的細菌群落組成有別。

例如,在排序分析當中,樣本點往往依採樣部位分群。這意味著排遺樣本未必能反映腸道黏膜的細菌群落組成,而這些細菌的組成與宿主許多生理與疾病相關。

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