大家好，我是超級boy，由於網站維護和文章管理的方便性，我決定改用 hexo + git page 來發布部落格，新部落格的網址為 5uperb0y.com，終於有了自己專屬的ID了。
本站將不再更新與維護，舊文章也會逐漸搬到新網站，順便更新內容。
感謝大家對盛夏不等式的支持😌
題外話：網域年費和水煎包價目表的陳列邏輯出奇地相似（水煎包價目表截自viviyu.com）
Trimmomatic 裁切功能簡介以及比對方式的疑問
裁切序列是 NGS 品質控管重要的一環，諸如建庫時添加的人工序列和序列末端品質低落的片段等都是要移除的目標。Trimmomatic 是專門用於 Illumina 定序資料的品管軟體，它可以發揮以下功能：
從 3' 端切除建庫時添加的人工序列
依照四種不同的模式裁切品質不佳的序列
依照平均定序品質分數篩選序列
本文著重 Trimmomatic 裁切功能的簡介與疑問。
R 讀取 FASTQ 檔
R 的 ShortRead 套件用於處理高通量定序產出的 FASTQ 檔，其功能包含讀寫 FASTQ 檔、計算序列統計量、裁切與篩選低品質序列等。目前，ShortRead 被保留在 Bioconductor ，並由開發團隊持續更新與維護。
排遺與腸道樣本的細菌群落差異
哺乳動物的排遺樣本代表游離於腸道腔室的細菌（luminal microbes），黏膜樣本則反映棲居於腸道黏膜細菌（mucosal microbes）。許多研究指出，排遺樣本與黏膜樣本的細菌群落組成有別。
例如，在排序分析當中，樣本點往往依採樣部位分群。這意味著排遺樣本未必能反映腸道黏膜的細菌群落組成，而這些細菌的組成與宿主許多生理與疾病相關。
讀後感｜時間機器 The time Machine
小說是以主角朋友的紀錄呈現。開頭場景類似電影《來自地球的人》，是一場舉行在主角家裡的沙龍。當一夥人正熱烈討論著時空本質時，主角現身向他們展示了正在打造的時光機器。不過要到主角衣衫襤褸，渾身是傷地出現在再次造訪的友人面前，讀者才得以讀到由敘事者轉述，主角經歷的未來冒險。
「什麼是 pipette？」
至今，我仍記得第一次競賽培訓，坐在 512 教室那骯髒而灰暗的生物實驗室裡，上午時分，人煙希罕，有些悠閒的感覺。
講完理論的阿灰老師開始介紹實驗，他強調︰
「做實驗時，你們要注意一些基本操作，不要給人見笑。我們學校培育出來的學生，要有不一樣的氣度，除了桌子整潔而且動作井然有序外，像是稀釋溶液或看顯微鏡等都要一步到位，不要在那邊滴半天、轉半天還調不出所需濃度、看不到東西！」
接著，他抽起不知為何插在筆筒裡的塑膠滴管︰
「你看這上頭寫著 3 cc，但你們就這樣相信了嗎？你們要去嘗試，統計滴管的實際容量，還有你們每次操作會擠出多少 cc！這樣調配溶液才會快而精準！」
「操作顯微鏡，沒有人從 40 倍開始看的啦！都是從 100 倍開始，你們要練習、練習再練習，直到不用注視目鏡，光看物鏡和物體的距離就能把焦距調好！」
聽到這些嚴格要求，當時的我油然升起「太帥了」的念頭。沒錯，每位實驗者都要有他獨門的必殺絕招，所以我也要有。
讀後感｜戰爭遊戲 Ender's Game
安德是被聯邦選中，培育為對抗蟲族第三次入侵的天才。安德的個性不若他姊姊薇倫泰溫和得無法下手殺人，也不像他哥哥彼得殘暴得不能博取部屬信任，
為使安德在絕望與孤立下激發潛能，他自出生以後，便活在上級注視及同儕欺凌的恐懼中。這些境遇在進入戰鬥學校中是每況愈下，例如長官會特意拔擢安德，以引起資淺者忌妒，資深者輕視。
此外，不合理的訓練要求接二連三，他辛苦建立的友情也被拆散。就連他姊姊薇倫泰，安德唯一的心理慰藉，也只是奉上級之命來關懷他。
觀後感｜攻殼機動隊S.A.C.
這部由主線──笑臉男事件和支線──電子腦、義體普及引發新型社會問題組成。
主線外的小故事可以獨立看，不影響通篇劇情理解。但是支線是以公安九課的各幹部為主角(還有思考機器人，塔奇克馬)，只聚焦笑面男事件就會錯失了解個別配角的機會。例如每次調查幾乎都是佗古薩上陣，笑面男的突破線索幾乎由這個有家庭沒義體化的new comer給找出來。
不過我覺得笑面男事件結尾有點不過癮，反派顯得不夠力。前頭醞釀的巨大陰謀在夕陽西下的最後一集平淡結束，讓前一集被激起的情緒無處宣洩。
讀後感｜All You Need Is Kill
距地球四十光年外的智慧生命為了開拓生存空間，向地球投射 Terra forming Bomb，一種行星改造奈米機器。不料，它們和地球生物共生後不斷演化，形成威脅地球人類生存的「擬態」
Mortal Fibonacci Rabbits (ID: FIBD)
Problem
假設兔子性成熟需一個月，性成熟後每對兔子每個月必繁殖一對子代，若兔子的壽命為 m 月，求第 n 月兔子對數。
Given: Positive integers n≤100 and m≤20.
Return: The total number of pairs of rabbits that will remain after the n-th month if all rabbits live for m months.
# input
6 3
# output
4
Consensus and Profile (ID: CONS)
Problem
給定數條等長DNA序列（存於 FASTA 檔），求其 consensus string 及各位置的鹼基統計量
Given: A collection of at most 10 DNA strings of equal length (at most 1 kbp) in FASTA format.
Return: A consensus string and profile matrix for the collection. (If several possible consensus strings exist, then you may return any one of them.)
示範數據
# input
>Rosalind_1
ATCCAGCT
>Rosalind_2
GGGCAACT
>Rosalind_3
ATGGATCT
>Rosalind_4
AAGCAACC
>Rosalind_5
TTGGAACT
>Rosalind_6
ATGCCATT
>Rosalind_7
ATGGCACT
# output
ATGCAACT
A: 5 1 0 0 5 5 0 0
C: 0 0 1 4 2 0 6 1
G: 1 1 6 3 0 1 0 0
T: 1 5 0 0 0 1 1 6
Finding a Motif in DNA (ID: SUBS)
Problem
給定字串 s 與 t，其中 t 的長度小於等於 s，求 s 與 t 一致之子序列的起始位置。
Given: Two DNA strings s and t (each of length at most 1 kbp).
Return: All locations of t as a substring of s.
示範數據
# input
s = GATATATGCATATACTT
t = ATAT
# output
2 4 10
讀後感｜人際的法則 — 怎麼面對他人求助？
長大成人是在情感上付出努力得來的
《人際的法則：一點就通，連難相處的人都可以應對》
The Rules of People: A personal code for getting the best from everyone
Richard Templar（理查．譚普勒），日出出版 （2021 年 08 月 11 日）
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