《尋找外星人》與天文生物學的科普地圖

李冰,《尋找外星人》
此書的內容中規中矩,例如德雷克公式(估計地外智慧生命數量的算式)各項次的含意,SETI(搜索地外智慧生命)和METI(發信給地外智慧生命)的目標和成效等搜索地外生命的熱門議題都點到了。

PatientsLikeMe:透過數據挖掘達到醫病互利的案例


PatientsLikeMe 是結合病友互動,醫病交流的商業網站。(此文為「轉譯醫學資訊」的課後作業,助教要求我們在瀏覽  PatientsLikeMe 的網站後,交一份心得給他。)

可能反映與嬰兒飲食相關的腸道菌相演替機制的現象

人體腸道菌群建立攸關個體健康,為理解與菌群相關的致病機制並精進目前的干預治療手段,腸道微生物學應逐步從關聯分析邁向機制研究。

過往累積的數據已辨識出許多影響菌相的外在因素,為了發掘導致現象的機制,本文試圖以生態理論和調控原理連結觀察與機制,探討可能反映飲食作用機制或菌群演替原則的現象與問題,期望可以指引出往後研究的方向。

(此文是「生物調控原理」課程的報告。這門課以系統論與建模思維,重新介紹遺傳學、生物化學、細胞生物學課程中講授的觀念。我嘗試用課堂上學到的方式,思考微生物學的研究。那時候趕著交報告,沒有很完整發展想法,也沒辦法用資料實證。現在看來除了點子天真了,可行性也受限於總基因體定序資料的精密度。儘管如此,我相信老師的建議是對的:「有想法就寫出來跟大家分享,即使只幫到一個人、只幫到自己也好。」)

預期錯誤率與序列品質篩選 (Read quality filtering)

Robert Edgar 是 UPARSE 和 UNOISE 等演算法的發明人,也是 Usearch 軟體的開發者,他的網站介紹了標識基因分析的重要概念。本文統整 Edgar 討論序列品質篩選的文章,介紹品質篩選方法和原則。

讀後感|因果經濟學

這本書似乎是科普版的計量經濟學,為瞭解因果推論的細節,我也翻了 Mostly Harmless Econometrics 。儘管看不懂,我還是挺喜歡的。人類明明那麼複雜,這些學者居然還能巧妙地利用自然實驗和工具變數等方式,間接推論關注對象間的因果關係。

想要解決科學問題不能局限於領域內的知識,凡是有機會的方法都該試試。既然微生物分析的設計碰到狀況,那麼便觀摩一下社會科學家怎麼從紊亂的世界中找到規律,看看能不能激發新想法。(但是我也得記住,科普書只是入門而已,不能期待從中得到複雜問題的解答。)


DIABIMMUNE Microbiome Project 資料簡介

DIABIMMUNE Microbiome Project,  https://pubs.broadinstitute.org/diabimmune
儘管許多研究探討腸道微生物群落的建立過程,但這些研究的資料未必開放使用。為了研究飲食與腸道微生物發育的關係,我在 NCBI SRA database 還有 EMBL-EBI MGnify 以嬰兒(infant)、腸道 (gut)、微生物 (microbiome) 等關鍵字搜尋適合的數據。雖然 DIABIMMUNE Microbiome Project 提供的資料在數據類型、樣本規模和飲食記錄等條件上非最佳選擇,但它卻開放使用。本文簡介此計畫的研究目的還有資料特性,供往後欲使用此數據的研究者參考。

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