預期錯誤率與序列品質篩選 (Read quality filtering)

Robert Edgar 是 UPARSE 和 UNOISE 等演算法的發明人，也是 Usearch 軟體的開發者，他的網站介紹了標識基因分析的重要概念。本文統整 Edgar 討論序列品質篩選的文章，介紹品質篩選方法和原則。

DIABIMMUNE Microbiome Project 資料簡介

DIABIMMUNE Microbiome Project,  https://pubs.broadinstitute.org/diabimmune

儘管許多研究探討腸道微生物群落的建立過程，但這些研究的資料未必開放使用。為了研究飲食與腸道微生物發育的關係，我在 NCBI SRA database 還有 EMBL-EBI MGnify 以嬰兒(infant)、腸道 (gut)、微生物 (microbiome) 等關鍵字搜尋適合的數據。雖然 DIABIMMUNE Microbiome Project 提供的資料在數據類型、樣本規模和飲食記錄等條件上非最佳選擇，但它卻開放使用。本文簡介此計畫的研究目的還有資料特性，供往後欲使用此數據的研究者參考。