2020年4月15日 星期三

Nat Rev Microbiol.:生態學理論在微生物生態學扮演的角色



微生物生態學需要用理論統整新科技產生的海量資訊,建立取代經驗(empiricism and intuition)的預測模型,以發揮其應用價值。

科技進步是雙面刃,雖然 16s rRNA 擴增定序、全基因體分析、全轉錄體分析等高通量手法能補足以培養為基礎的方法之不足,然而得出的大量數據有時反而迷惑了研究者。因此作者認為目前阻礙微生物生態學進步的關鍵不在於科技瓶頸,而是缺乏理論框架解讀資料。

作者說明借鑑既有的動植物生態學理論是最佳且可行的方式,一方面可以用以統整資料,另一方面也能在微生物界檢驗既有理論,甚至能從快速生長、大生物量、無性繁殖的獨特群集屬性中發展出新的理論。建立理論後,決策者就能減少依賴應用範圍侷限的經驗和直覺,可以利用理論預測現象並提出解決辦法。

此文一方面論證應用既有生態理論的必要,另一方面也指出可能的研究方向和困難。可以用於答辯「為何要應用生態理論」或是思考研究題目。文中所提的可應用生態學理論的研究方向可分為三種:
  • 群集生態學:群集組成內容、群集多樣性與環境、能量、時間的關聯
  • 行為生態學:物種生殖策略、競爭策略
  • 時間關聯:活動力變化、空間分布
美中不足是沒有提到生態交互作用網路,需要其他文獻補充。


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