先前曾介紹 R 讀取 FASTQ 檔的方式,本文則要分別介紹如何在 R 環境,使用 seqnir 套件或 baseR 讀取 FASTA 檔。
R 讀取 FASTQ 檔
排遺與腸道樣本的細菌群落差異
哺乳動物的排遺樣本代表游離於腸道腔室的細菌(luminal microbes),黏膜樣本則反映棲居於腸道黏膜細菌(mucosal microbes)。許多研究指出,排遺樣本與黏膜樣本的細菌群落組成有別。
例如,在排序分析當中,樣本點往往依採樣部位分群。這意味著排遺樣本未必能反映腸道黏膜的細菌群落組成,而這些細菌的組成與宿主許多生理與疾病相關。
讀後感|時間機器 The time Machine
小說是以主角朋友的紀錄呈現。開頭場景類似電影《來自地球的人》,是一場舉行在主角家裡的沙龍。當一夥人正熱烈討論著時空本質時,主角現身向他們展示了正在打造的時光機器。不過要到主角衣衫襤褸,渾身是傷地出現在再次造訪的友人面前,讀者才得以讀到由敘事者轉述,主角經歷的未來冒險。
「什麼是 pipette?」
至今,我仍記得第一次競賽培訓,坐在 512 教室那骯髒而灰暗的生物實驗室裡,上午時分,人煙希罕,有些悠閒的感覺。
講完理論的阿灰老師開始介紹實驗,他強調︰
「做實驗時,你們要注意一些基本操作,不要給人見笑。我們學校培育出來的學生,要有不一樣的氣度,除了桌子整潔而且動作井然有序外,像是稀釋溶液或看顯微鏡等都要一步到位,不要在那邊滴半天、轉半天還調不出所需濃度、看不到東西!」
接著,他抽起不知為何插在筆筒裡的塑膠滴管︰
「你看這上頭寫著 3 cc,但你們就這樣相信了嗎?你們要去嘗試,統計滴管的實際容量,還有你們每次操作會擠出多少 cc!這樣調配溶液才會快而精準!」
「操作顯微鏡,沒有人從 40 倍開始看的啦!都是從 100 倍開始,你們要練習、練習再練習,直到不用注視目鏡,光看物鏡和物體的距離就能把焦距調好!」
聽到這些嚴格要求,當時的我油然升起「太帥了」的念頭。沒錯,每位實驗者都要有他獨門的必殺絕招,所以我也要有。
讀後感|戰爭遊戲 Ender's Game
安德是被聯邦選中,培育為對抗蟲族第三次入侵的天才。安德的個性不若他姊姊薇倫泰溫和得無法下手殺人,也不像他哥哥彼得殘暴得不能博取部屬信任,
為使安德在絕望與孤立下激發潛能,他自出生以後,便活在上級注視及同儕欺凌的恐懼中。這些境遇在進入戰鬥學校中是每況愈下,例如長官會特意拔擢安德,以引起資淺者忌妒,資深者輕視。
此外,不合理的訓練要求接二連三,他辛苦建立的友情也被拆散。就連他姊姊薇倫泰,安德唯一的心理慰藉,也只是奉上級之命來關懷他。
觀後感|攻殼機動隊S.A.C.
這部由主線──笑臉男事件和支線──電子腦、義體普及引發新型社會問題組成。
主線外的小故事可以獨立看,不影響通篇劇情理解。但是支線是以公安九課的各幹部為主角(還有思考機器人,塔奇克馬),只聚焦笑面男事件就會錯失了解個別配角的機會。例如每次調查幾乎都是佗古薩上陣,笑面男的突破線索幾乎由這個有家庭沒義體化的new comer給找出來。
不過我覺得笑面男事件結尾有點不過癮,反派顯得不夠力。前頭醞釀的巨大陰謀在夕陽西下的最後一集平淡結束,讓前一集被激起的情緒無處宣洩。
讀後感|All You Need Is Kill
距地球四十光年外的智慧生命為了開拓生存空間,向地球投射 Terra forming Bomb,一種行星改造奈米機器。不料,它們和地球生物共生後不斷演化,形成威脅地球人類生存的「擬態」
Mortal Fibonacci Rabbits (ID: FIBD)
Problem
假設兔子性成熟需一個月,性成熟後每對兔子每個月必繁殖一對子代,若兔子的壽命為 m 月,求第 n 月兔子對數。
Given: Positive integers n≤100 and m≤20.
Return: The total number of pairs of rabbits that will remain after the n-th month if all rabbits live for m months.
# input
6 3
# output
4