2020年2月6日 星期四

總基因體學小辭典 (Glossary of Metagenomics)

為了規範今後寫文章的用詞,我將陸續整理總基因體學常用的詞彙。

Amplicon 擴增子

核酸序列經 PCR 擴增的產物。

Library (文)庫

備用物質的集合,例如 sequencing libraries (定序庫,要送諸定序的核酸片段)。

Microbiome 微生物體

(1) Micro-biome:環境與其中的微生物相 (microbiota)。

(2) Microbi-ome:環境微生物的基因體集合 (microbial metagenome)。

Metagenomics 總基因體學

研究個體的特定基因是遺傳學 (genetics),研究個體的全數基因是基因體學 (genomics),研究群集的基因集合是總基因體學 (metagenomics)。

註:除了總(體)基因體學,metagenomics 還依據譯者對 meta- 的詮釋,譯作元基因體學、多源基因體學和宏基因組學。我認為多源基因體學意思最貼切,只是跟 meta- 的關聯不大;元基因體學取 about 的意思則詞不達意;而宏基因組學不是台灣常用的譯名。簡言之,metagenomics 的 meta 是 meta-analysis 的 meta。

Microbiota 微生物相

特定環境的微生物群集 (microbial communities) 以及其狀態 (composition, phase, condition, ...)。

Operational taxonomy units (OTUs) 操作分類單元

在以核酸為基礎的標的基因分析中,OTUs 定義為彼此相似度達特定閾值(例如 97%)的序列集合,其含義則因研究目的而定。以資料處理為例,OTUs 為樣本內具有生物意義的正確序列的子集。

Reads 定序片段

定序儀器的原始輸出,例如:ATCGTACA (DNA)。定序片段與序列的區別在於,定序片段指的是數據,而序列還有物質含義。

Reference sequence 參考序列

已知意義的序列。移除汙染、註解物種或建立 OTUs 皆需要參考序列。

Sequences 序列

(1) 核酸、去氧核酸、蛋白質等由單體組成的長鏈。

(2) 同 reads。定序儀器的原始輸出,例如:ATCGTACA (DNA)。


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