Error in alpha(pseq, index = "all") : unused argument (index = "all")

使用 microbiome 套件（R 語言）分析微生物相的 α 多樣性時，要先以 alpha 指令計算多樣性指標。然而，如果使用舊版套件會跳出以下錯誤，此時只要安裝新版即可解決問題。

Error in richness(x, detection = 0, index = "observed") : unused argument (index = "observed")

而我碰到的狀況則是，昨天可以執行這指令，但今天卻不能執行。仔細檢查後發現，我在昨天跟今天分別用了不同的環境。

我的 conda 裡有 R 和 Qiime 2 （內建 R）專用的環境，平常我都是用 R studio server，從桌機連線到伺服器使用 R。昨天我是在 R 環境內連線，今天則不小心在 Qiime 2 環境連線。兩邊安裝的套件種類不同，我在 Qiime2 環境內安裝的 microbiome 套件仍屬舊版，所以沒辦法順利執行。

雖然我嘗試安裝新版，但不知道為什麼安裝不成，最後是連線回 R 環境才解決這項錯誤。

總而言之，我以後得好好釐清在 conda 環境安裝 R 套件的細節以及 R studio server 的連線觀念，避免這次莫名其妙出現問題，又莫名其妙迴避問題的狀況。（可以參考這篇：在伺服器上跑R 的上手須知）