一、我們存在的理由
1. 意義的「意義」
《人類存在的意義》探討人類存在於世間的理由與地位，認為應結合人文與科學共同思索這個問題。
卷初作者便釐清意義的兩種含意：事物之所以發生的遠因與近因。近因帶有目的，例如蜘蛛結網捕蟲，蜘蛛網存在的意義就是為了獵食求生，或說神創論者相信人類是造物主規劃下的產物，人類生存的意義便是達成被賦予使命或任務。至於遠因則無關意向和動機，是事情發展至現況所經歷的一切偶然與歷史因素，沒有任何規劃與目的。探究近因能理解事情怎麼發生，而探究遠因則能明白事情為什麼會如此。由於生物技術和優生學發展，人類已經能逐步跨出遠因的支配，依照目的性規畫自己演化的途徑，但究竟我們該翻修自己到何種程度？面對這樣的道德困境，此書著墨於人類存在的遠因——亦即人類的祖先是怎麼經歷一連串的累積而成為我們，繼而探討當我們理解這種意義後又該怎麼考量自己的處境，明瞭未來的方向。
2. 解開人類之謎
文明社會是人類的重要屬性，其發源於真社會性（eusociality），已知的人類外的真社會性生物僅出現在昆蟲、某些海生甲殼綱動物和生活在地下的齧齒類動物，並不超過三十種。儘管經歷數次物種爆發，真社會性一直要到近兩億年才出現，儘管如此，真社會性替生物帶來非常大的利益。不過發展真社會性需要在演化過程中出現一連串改變，首先建立巢穴，然後以此為據點覓食哺育，成員分工合作最終形成真社會性的群體，因此儘管能帶來許多好處，仍然很晚近才發展出來。
人類的真社會性可能源於飲食習慣改變為肉食，因此要更嚴謹的分工合作，繼而設立營地，因為合作與競爭發展人際關係，交流中凸顯心智的重要性，因此逐步演化出心智能力。
而解釋演化趨力的學說主流學說有兩種：「親緣選擇 （kin selection）」以及「總括生殖成就（inclusibe fitness）或是整體適存度」。前者認為個體互助源於基因相似，能從利他行為獲利，最終發展出社會行為；後者則是只要行為能確保最大基因流傳，則群體就可能發展出社會行為。然而作者主張的多層次擇汰（multilevel selection），認為自然選擇發生在個體在群體內的競爭（個體擇汰）以及群體和群體間的競爭（群體擇汰），因此人類不僅會對群體有認同感，也極其關注群體內的是是非非。
3. 演化與我們內在的衝突
人類的善與惡即是利他與利己的衝突，這種矛盾特徵源於基因的個體選擇和群體選擇。僅影響個體的不利基因會在群體內或群體外的人際關係中被汰除，而會影響群體（即個體互動）的基因，則會在群體與群體互動中汰除，因為無法合作協調的群體難以對抗較團結的群體。人類的利己基因能讓個體在群體內競爭中勝出，於是團體逐漸變成自私的團體，然而自私的團體在群體間競爭卻無法對抗因帶有利他基因而合作的團體。個體擇汰篩選出利己基因，群體擇汰篩選出利他基因，兩者會在演化過程中拉扯游移。
「個體擇汰」（個體和同一群體內的其他個體競爭）和和「群體擇汰」（群體與其他群體競爭）這兩種力量之間發生了衝突。後者會使同一群體的所有成員懷抱利他精神，相互合作，並產生道德意識、良知與榮譽感。簡而言之，這兩股力量之間的中途在於：在同一個群體內，自私的個體會擊敗具有利他精神的個體，但由利他主義者所組成的群體，會擊敗由自私的個體所組成的群體。說得更簡單一些：個體擇汰會助長邪惡，群體擇汰則會增強美德。
史前時期這段「多層次擇汰」的演化過程，使得人類的心中永遠充滿了矛盾與衝突，不時在這兩股極端的演化力量之間游移。我們不可能完全屈服於其中任何一種力量，因為它們都不是解決我們的社會與政治問題的理想方式。如果我們完全聽任「個體擇汰」的本能趨使，則整個社會終將瓦解。反過來說，我們如果完全臣服於「群體擇汰」的趨力，則會變成天使一般的機器人，如同一群特大號的螞蟻。（page 49）
二、知識的統合
1. 新啟蒙時代
雖然意在強調整合人文與科學以探索人類之所以為人類的理由，但作者卻以大量篇幅敘述人文學科的侷限，列舉科學進展飛速試圖證明科學已經到了可以解決問題的時候。
2. 人文學科的重要
儘管作者認為人文學科難以解釋人類的意義，但是能從倫理學的角度解決科技進步的衝擊。作者提及的道德危機是「人類是否應為了避免疾病或培養特質而編輯自己的基因」，作者支持存在保守主義（existential conservatism）主張人的生物特性是一項神聖的資產，有義務要加以保存。另外科技能被科技取代，且在傳播中會逐漸均質；但文化多樣性是獨一無二，它的演進越來越複雜越來越獨特，人文學科的第二個價值就在於它保留了人類之所以為人的特質。
總言之，作者認為人文學科不能解決我們的疑問，但它一方面作為解決道德抉擇的利器，一方面作為標本保留了文化發展獨一無二的一面。
3. 社會演化的驅力
本章節敘述總括生殖理論和多層次擇汰的內涵，並提出前者的反證。總括生殖理論的核心觀點可以用漢彌爾頓的不等式（Hamilton inequality）表達：
「某個利他行為所造福的對象，如果他所繁衍的後代數量，超過那位利他者因該利他行為而損失的後代數量，則表現這個利他行為的基因就會增加。然而，唯有在利他者和他所造福的對象彼此的親緣關係很近的情況之下，利他者才能從自己的利他行為中受惠。至於兩者親緣接近的程度，則視他們共同擁有的基因的比例而定：兄弟姊妹是四分之一，堂（表）兄弟姊妹是八分之一，依此類推。親緣關係愈遠，比例愈低，而且下降得很快。這樣的過程後來稱為『親緣選擇』（kin selection）。」(p.87)
「……他（漢彌爾頓）認為，生活在群體中的個體會與群體中的其他成員互動。在這個過程中，牠和每一個與牠有互動關係的成員都共同參與了「親緣選擇」。這些行為的總和對牠能傳給下一代的基因數量的影響，便是牠的總括生殖成就，也就是將這些行為的好處與成本統統加起來，再用牠和每一個成員之間的親緣等級來打折所得出的數字。依照「總括生殖成就理論」，擇汰的單位在不知不覺間從『基因』變成了『個體』。」(p.89)
而作者反對的理由有：
- 過於抽象，脫離實際觀察結果。
- 僅觀察少數現象做出結論，忽略生態學、譜系學、神經生物學等領域。
- 錯將選擇單位界定為個體。
- 行為的效應不一定可以加總。
三、人類之外的世界
（前兩節略過，閱讀無收穫）
1. 外星人的模樣
作者依據地球生物學知識推論能發展出文明的外星人是什麼模樣。
- 陸生：文明發展的基礎是能源，需要乾燥的環境生火或應用其他能源。
- 體型大：智慧需要記憶體，而記憶體大小受限於空間大小。
- 視覺與聽覺溝通：化學物質的擴散太慢，不利於迅速溝通，因此文明生物需以光或波動傳訊。
- 觸手：任何可以製作工具的構造。
- 道德：由於群體擇汰和個體擇汰作用，很可能在外星趨同演化出道德觀念。
- 社會性：能夠合作和促使競爭，讓團體本身和其中成員具有演化優勢。
2. 生物多樣性的崩壞
分類學的價值
- 分類學家本身就是該生物的專家，是生物學知識的源頭。
- 生態學或其他學說需要以來自分類學的研究作為基礎，否則可能會發生誤判關鍵物種等錯誤，導致錯誤的生態改良。
- 發掘新物種可以擴充基因改良工具，促進生物學發展。
四、心靈的幻象
作者說明人性是源於「人類的心智發展過程中，得自遺傳的一些規律行為，而這些行為又使得人類的文化朝特定的方向發展，因此它是人腦中基因與文化的連結。」（p176），並舉出人們對居住地的偏好為證，還沒有居住地偏見的兒童天性愛好稀樹草原這種人類發源地的環境（African savanna hypothesis）。這些個性來自基因裡頭的預備學習（prepared learning），預備學習而來的行為因人而異，而學習傾向的多樣性在演化擇汰保留下來，導致族群普世的內在價值觀。
五、摘錄
- 人類的存在或許比我們所想像的更加簡單。沒有既定的宿命，沒有深邃難解的生命奧秘，也沒有競相要我們宣示效忠的魔鬼與神祇。我們只不過是靠著自己的努力適應環境，因而得以在這個生物世界中存活的一個獨特物種，獨立而脆弱。若欲永續存活，我們就必須敢於突破現今仍存在於社會（包括那些已經極為民主的社會）的制約，秉持獨立思考的精神與理性，好好地認識我們自己。(page 42)
- 「人類的所有煩惱皆起因於我們不知道自己是什麼，對於我們想要成為什麼，也沒有一致的看法」(Jean Bruller/Vercors You Shall Know Them, page 166)
- 宗教在凡夫俗子的眼中是真的，在智者的眼中是假的，在統治者的眼中則是有用的。(小塞內卡, page 188)
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